Handbuch S. 192 ff. werden die werksseitig nicht vorgesehenen Fehler des Fahrzeugs dokumentiert. Wenn ein Mechaniker dein Auto bei Vollmond besungen und damit den Gott der elektrischen Ladung erzürnt hat , dürfte dies dort vermerkt sein.
Es ist doch offensichtlich, dass eine Tiefenentladung der Batterie nicht normal ist und hier ein technischer Fehler vorlag. Dieser kann durch die OTA-Funktionalität hervorgerufen werden, durch ein sich nicht abschaltendes Steuergerät, x-beliebige (nachträglich verbaute) Verbraucher (Kühlbox, o.ä.), etc.
Dass dich deine Steuergeräte danach mit jeder Menge Fehler empfangen, ist nicht ungewöhnlich. Sollten diese nicht (sporadisch) bestätigt werden, ist das kein Grund zur Panik.
Wenn du dir jetzt Sorgen machst, dass das kein Ausrutscher war, schnapp dir ein Multimeter und versuch den Kriechstrom zu messen (Kabel vom Minuspol der Batterie trennen und Multimeter dazwischen hängen). Wäre aber auch nur ein Indiz für einen vorliegenden Fehler. Bei den 4xe Modellen musst du sicherstellen, dass das Fahrzeug mind. 30 Minuten in totaler Ruhe war und z.B. auch die Türen nicht geöffnet wurden.
Prinzipiell hat dieser Umstand der Lebensdauer deiner Starterbatterie geschadet. Die Dinger sind nicht dafür gebaut über 50% entladen zu werden. Solange das aber nicht rekonstruierbar ist, wird Jeep da nicht tätig werden.